頂上の三つのお社（東之宮・巌窟・西之宮）ごとに奥宮の御朱印があります。
東参道(群馬側)：鳥居峠(林道終点)登山口から四阿山頂上への登拝で
山家神社奥宮【 東之宮 】の御朱印を頂けます。
菅平高原(長野側)：菅平牧場登山口から四阿山頂上への登拝で
山家神社奥宮【 巌 窟 】の御朱印を頂けます。
西参道(長野側)：四阿高原登山口から四阿山頂上への登拝で
山家神社奥宮【 西之宮 】の御朱印を頂けます。
四阿山(あずまやさん)頂上登拝の証として頂ける山家神社奥宮【四阿山寶印】とは別に頂上の三つの祠（東之宮・巌窟・西之宮）ごとに奥宮の御朱印があります。
基本的にはそれぞれの参道（登山口)ごとに頂ける奥宮の御朱印の種類が決まっております。
頂上の祠を撮影して山家神社の本宮へ行きまして、どの登山口から登ったかを報告して、四阿山頂上登拝の証(四阿山寶印)とは別の「奥宮」の御朱印を希望することを伝えてください。
菅平牧場登山口
四阿高原登山口
鳥居峠(林道終点)登山口