社会保険労務士の老松です
平成28年の扶養控除等異動申告書には、法律で、個人番号の記載が義務付けられています
ただし、10月28日に国税庁から変更が発表され、
扶養控除等異動申告書に「個人番号については給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」と記載し、給与支払者は、既に提供を受けている従業員等の個人番号を確認し、確認した旨を扶養控除等申告書に表示すればよいとされました。
その場合には、社員番号等で検索できるようにしておけば、扶養控除等異動申告書と別保管することも可能です。
また、ICT等のシステムを利用して個人番号（マイナンバー）を収集して、システム上で保管することも可能になります。
扶養控除等異動申告書に個人番号を記載しないことで、年末調整の担当者を必ずしもマイナンバーの事務取扱担当者としないこともできます。
その場合は、扶養親族の個人番号の収集漏れがないよう、扶養控除等異動申告書と照合する必要があります。
また、扶養控除等異動申告書に従業員や扶養親族の氏名・住所・生年月日等をプレ印字したものを従業員に渡し、従業員がその申告書を使って提出すれば、身元確認ができ、免許証等の他の書類の提示（提出）は不要とされました。
詳しくはこちらを参照ください
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国税庁HP「社会保障・税番号制度＜マイナンバー＞FAQ（平成27年10月28日現在）」
https://www.nta.go.jp/mynumberinfo/FAQindex.htm
適用するには手間も発生しますが、マイナンバーが記載された扶養控除等申告書を管理する安全管理措置の対応はかなり負担になるため、記載すべきかを検討の上、社内の方針を決めていくことが大切となります